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  行政院組織法於99年2月3日修正公布，新的行政院組織架構（14部8委員會3獨立機關1行1院2總處）明定自101年1月1日開始施行，各新機關籌備小組均已展開各項籌備工作。行政院亦依既定規劃時程及中央行政機關組織基準法規定，將28個部會134項組織法案函送立法院審議。截至100年12月14日（立法院第7屆第8會期），合計有院本部、外交部等12個中央二級機關及所屬、相當中央三級之獨立機關飛航安全調查委員會計33項法案完成立法。

配合立法院就組織改造法案之審議進程及各機關籌備作業推動情形，行政院院本部以及法務部、客家委員會、中央銀行、國立故宮博物院、中央選舉委員會等5個部會及所屬於101年1月1日啟動，新的行政院組織架構將在「提升效能」及「無縫接軌」之原則下穩健推動。

已完成組織法案立法作業之機關，除前述之行政院院本部及所屬5個新部會及所屬於101年1月1日起啟動外，金融監督管理委員會因考量專任委員任期至101年6月30日，為利新舊制度銜接，定於101年7月1日施行；文化部除文建會外，所連動影響之新聞局（廣電、出版、電影業務）、教育部（所屬4個館所）及研考會（政府出版品業務）等原機關，將俟籌備周妥於101年5月20日啟動。

至其餘已完成立法之外交部、僑務委員會、行政院人事行政總處、公平交易委員會、國家通訊傳播委員會及飛航安全調查委員會等6部會及所屬，行政院將考量兼顧法制完備性、施政穩健度及堅實組改配套作業等因素，視各機關籌備情形，再通盤規劃其施行日期。

截至100年12月14日，計有17個部會98項法案尚未完成立法，加計專業法律（政風、主計及駐外機構）組織法案等3項，合計101項法案有待完成立法，行政院仍將持續積極協調立法院朝野各黨團俾凝聚共識，期於本會期結束前完成立法作業，並參照過往籌設新機關所需之作業時程，配合立法院分批完成立法，妥適規劃各機關分階段施行日期。