行政院组织法于99年2月3日修正公布，新的行政院组织架构（14部8委员会3独立机关1行1院2总处）明定自101年1月1日开始施行，各新机关筹备小组均已展开各项筹备工作。行政院亦依既定规划时程及中央行政机关组织基准法规定，将28个部会134项组织法案函送立法院审议。截至100年12月14日（立法院第7届第8会期），合计有院本部、外交部等12个中央二级机关及所属、相当中央三级之独立机关飞航安全调查委员会计33项法案完成立法。
配合立法院就组织改造法案之审议进程及各机关筹备作业推动情形，行政院院本部以及法务部、客家委员会、中央银行、国立故宫博物院、中央选举委员会等5个部会及所属于101年1月1日启动，新的行政院组织架构将在「提升效能」及「无缝接轨」之原则下稳健推动。
已完成组织法案立法作业之机关，除前述之行政院院本部及所属5个新部会及所属于101年1月1日起启动外，金融监督管理委员会因考量专任委员任期至101年6月30日，为利新旧制度衔接，定于101年7月1日施行；文化部除文建会外，所连动影响之新闻局（广电、出版、电影业务）、教育部（所属4个馆所）及研考会（政府出版品业务）等原机关，将俟筹备周妥于101年5月20日启动。
至其余已完成立法之外交部、侨务委员会、行政院人事行政总处、公平交易委员会、国家通讯传播委员会及飞航安全调查委员会等6部会及所属，行政院将考量兼顾法制完备性、施政稳健度及坚实组改配套作业等因素，视各机关筹备情形，再通盘规划其施行日期。
截至100年12月14日，计有17个部会98项法案尚未完成立法，加计专业法律（政风、主计及驻外机构）组织法案等3项，合计101项法案有待完成立法，行政院仍将持续积极协调立法院朝野各党团俾凝聚共识，期于本会期结束前完成立法作业，并参照过往筹设新机关所需之作业时程，配合立法院分批完成立法，妥适规划各机关分阶段施行日期。
